Le Tchad de nos jours. Adam, la soixantaine, ancien champion de natation est maitre nageur de la piscine d'un hôtel de luxe à N'Djamena. Lors du rachat de l'hôtel par des repreneurs chinois, il doit laisser la place à son fils Abdel. Il vit très mal cette situation qu'il considère comme une déchéance sociale.
Le pays est en proie à la guerre civile et les rebelles armés menacent le pouvoir. Le gouvernement, en réaction, fait appel à la population pour un "effort de guerre" exigeant d'eux argent ou enfant en âge de combattre les assaillants.

Dans un charmant quartier résidentiel délimité par des clôtures de bois blanc et orné de rosiers fleurissants se dresse une bâtisse noire entourée d’une pelouse en friche. Cette façade sinistre cache un secret : Gru, un méchant vilain, entouré d’une myriade de sous-fifres et armé jusqu’aux dents, qui, à l’insu du voisinage, complote le plus gros casse de tous les temps : voler la lune (Oui, la lune !)...
Gru affectionne toutes sortes de sales joujoux.

Les apparitions magiques de sa femme défunte et de son fils disparu depuis des années confirment à Oncle Boonmee que sa fin est proche. Dans son domaine apicole, entouré des siens, il se souvient alors de ses vies antérieures. Accompagné de sa famille, il traverse la jungle jusqu’à une grotte au sommet d’une colline, lieu de naissance de sa première vie.
De cette première vie, Oncle Boonmee ne se souvient de rien, s’il était animal ou végétal, homme ou femme ; mais il sait à présent qu’il est prêt à aborder la mort avec apaisement.